甲骨文最早出土于何时，尚无定论。河南安阳殷墟一带，自北宋以来就不断发现商代铜器，当地在千百年前即有甲骨出土是完全有可能的。但直到清末，历代学者都没有注意到甲骨文的存在。

19世纪末到20世纪初，古代甲骨上的刻划的符号被确认为的商代文字是中国考古的三大发现（敦煌石窟、周口店猿人遗迹）之一。可是它的发现过程，既十分偶然又极富戏剧色彩。

在清朝光绪25年秋，古董商、金石学家王懿荣，是当时最高学府国子监祭酒（相当于校长），得了疟疾，派人到宣武门外菜市口达仁堂买了一剂中药。王懿荣无意中看到其中的一味叫龙骨的中药上面刻划着一些符号。于是就翻看药渣，没想到上面居然有一种看似文字的图案。

龙骨是古代脊椎动物的骨骼，在这种几十万年前的骨头上怎会有刻划的符号呢?这不禁引起他的好奇。对古代金石文字素有研究的王懿荣便仔细端详起来，觉得这不是一般的刻痕，很像古代文字，但其形状非籀（大篆）非篆（小篆）。为了找到更多的龙骨作深入研究，他派人赶到达仁堂，以每片二两银子的高价，把药店所有刻有符号的龙骨全部买下，后来又通过古董商范维卿等人进行搜购，累计共收集了1500多片。

王懿荣发现每片龙骨上都有相似的图案，他把这些奇怪的图案画下来，经过长时间的研究确信这是一种文字，而且比较完善，应该是殷商时期的。后来，人们找到了龙骨出土的地方——河南安阳小屯村，那里又出土了一大批龙骨。因为这些龙骨主要是龟类兽类的甲骨，是以人将它们命名为“甲骨文”，研究它的学科就叫做“甲骨学”。

由于药铺老板拒收上面有刻画痕迹的龙骨，小屯村的农民就用小刀将上面的痕迹刮掉，以6文钱一斤的价格，将挖出的龙骨卖给药铺。于是许许多多的商代史料被磨成粉，当作药吃进肚里，这就是所谓的“人吞商史”。

王懿荣对甲骨的收购，逐渐引起学者重视。古董商人则故意隐瞒甲骨出土地，以垄断货源，从中渔利。王懿荣好友刘鹗等派人到河南多方打探，皆以为甲骨来自河南汤阴。后来罗振玉经过多方查询，终于确定甲骨出土于河南安阳洹河之滨的小屯村，这里与古文献记载的商朝后期的殷都所在地相吻合。

据清末小说家刘鹗记载。光绪二十五年，河南安阳出土龟版之后，被山东潍县古董商人范寿轩、范维卿等人收购，并运至北京售卖。时任国子监祭酒的王懿荣素来喜好收集古物，通晓金石文字，从古董商手中高价收购了这批甲骨。这也是甲骨文被发现的一种传闻。

然而，国子监祭酒王懿荣尚未对这种文字进行深入研究，即在同年七月八国联军攻占北京时自杀殉国。后来，人们尊称最先发现甲骨文的王懿荣为“甲骨文之父”。